ในเดือนสิงหาคมปี พ.ศ. 2481 สตาลินให้เบรียาขึ้นมาเป็นรองหัวหน้าพลาธิการกิจการภายในประชาชน (NKVD) กระทรวงที่คุมรัฐการรักษาความปลอดภัยและกองตำรวจลับ ภายใต้ นิโคไล เยซอฟ ที่ NKVD ดำเนินการล้าง: "ศัตรูของประชาชน" จำคุกหรือประหารผู้คนนับล้านที่ถูกกล่าวหาทั่วสหภาพโซเวียต ตอนแรกสตาลินมีความคิดที่จะแต่งตั้ง ลาซาร์ คากาโนวิช เป็นหัวหน้าของ NKVD แต่เลือกเบรียาเพราะเขาเป็นตำรวจลับมืออาชีพ NKVD ได้รับการปรับปรุงใหม่โดยครึ่งหนึ่งของบุคลากรทั้งหมดถูกแทนโดยบุคลากรจากเขตคอเคซัสที่เบรียาจัดหามาให้

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2482 เบรียากลายเป็นสมาชิกโปลิตบูโร แม้ว่าเขาจะไม่ได้เป็นสมาชิกเต็มรูปแบบจนถึงปี พ.ศ. 2489 เขาเป็นหนึ่งในผู้นำอาวุโสของรัฐโซเวียต ในปี พ.ศ. 2484 เบรียาเป็นผู้บังคับการตำรวจรักษาความปลอดภัยรัฐ ในช่วงเวลานั้นเปรียบได้อย่าง จอมพลแห่งสหภาพโซเวียต

ในช่วงการเข้ายึดครองโปแลนด์เป็นผู้คุมในการสังหารหมู่ชาวโปแลนด์ที่กาตึน ในเดือนกุมภาพันธ์ปี พ.ศ. 2484 เบรียาได้เป็นรองประธานกรรมการของสภาตำรวจ,ในเดือนมิถุนายนหลังปฏิบัติการบาร์บารอสซาของเขาก็กลายเป็นสมาชิกของคณะกรรมการกลาโหมของรัฐ (GKO)

ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองเขารับผิดชอบร่วมกับเกออร์กี มาเลนคอฟ ในการระดมผู้คนนับล้านที่ถูกคุมขังในค่ายกูลัก มาช่วยการผลิตในช่วงสงคราม เขาควบคุมของการผลิตอาวุธยุทโธปกรณ์ และอากาศยานเครื่องยนต์ นี่คือจุดเริ่มต้นของการเป็นพันธมิตรกันระหว่างเบรียาและมาเลนคอฟ

ในปี พ.ศ. 2487 ขณะที่เยอรมันถูกขับออกจากดินแดนโซเวียต เบรียาได้จัดการกับชนกลุ่มน้อยชาติพันธุ์ต่างๆที่ถูกกล่าวหาว่าต่อต้านโซเวียต และให้ความร่วมมือกับเยอรมัน ทั้งเชชเนีย ไครเมียตาตาร์ติก กรีก[6] และโวลกาเยอรมัน กลุ่มเหล่านี้ถูกเนรเทศไปยังเอเชียกลาง

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2487 เบรียาได้รับมอบหมายให้ดูแลโครงการพัฒนาระเบิดปรมาณูของโซเวียตซึ่งสร้างและทดสอบระเบิดในวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2492 ซึ่งเบรียาได้นำหน่วยสืบราชการลับทำการขโมยข้อมูลจำเป็นในการพัฒนาอาวุธนิวเคลียร์ของสหรัฐอเมริกาได้อย่างประสบความสำเร็จ.จากนั้นระดมถูกคุมขังในค่ายกูลักในเหมืองแร่ยูเรเนียมและสำหรับการก่อสร้างและการดำเนินงานของโรงงานแปรรูปยูเรเนียม

่ในเดือนกรกฎาคมปี พ.ศ. 2488 สตาลินแต่งตั้งเบรียาเป็นจอมพลสหภาพโซเวียต ถึงแม้ว่าเขาจะไม่เคยสั่งการทางทหาร เบรียาก็ทำผลงานอย่างมีนัยสำคัญสู่ชัยชนะของสหภาพโซเวียตในสงครามโลกครั้งที่สอง